1974年1月创刊(月刊)
主管/主办:重庆西南信息有限公司
ISSN 1002-137X
CN 50-1075/TP
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    2016 全国高性能计算学术年会 栏目所有文章列表
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    1. 基于Openstack的高能物理虚拟计算集群系统及应用
    黄秋兰,李海波,石京燕,孙震宇,伍文静,程耀东,程振京
    计算机科学    2017, 44 (10): 59-63.   https://doi.org/10.11896/j.issn.1002-137X.2017.10.011
    摘要 (87)   PDF (1223KB) (177)  
    高能物理计算是典型的高性能计算的应用,运行时需要大量的CPU资源。如果系统的CPU资源利用率不高,会使得计算效率大大下降。传统的高能物理计算环境资源管理是静态的,很难同时满足突发、批处理、CPU密集型、数据密集型等不同类型的作业对于不同的物理资源的需求。文中基于Openstack构建的虚拟计算集群系统,实现以CPU核为粒度进行调度作业,根据当前的作业和虚拟资源情况,动态调度资源,大大提高了资源的利用率。首先介绍本系统的相关研究工作,包括KVM虚拟机的测试优化、高能物理作业在虚拟机上的性能测试及高能物理公共服务云IHEPCloud,这些工作进一步表明了高能物理实验的数据分析在虚拟机上的性能是完全可以被接受的;然后详细介绍了虚拟计算集群系统的设计与实现;最后给出虚拟机计算集群在高能物理计算中的实际应用情况,证明了虚拟计算集群系统能很好地满足高能物理的计算需求。
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    2. 神威太湖之光上OpenFOAM的移植与优化
    孟德龙,文敏华,韦建文,林新华
    计算机科学    2017, 44 (10): 64-70.   https://doi.org/10.11896/j.issn.1002-137X.2017.10.012
    摘要 (242)   PDF (1372KB) (532)  
    神威太湖之光是最新一期Top500榜单上排名第一的超级计算机,峰值性能为125.4 PFlops,其计算能力主要归功于国产SW26010众核处理器。OpenFOAM(Open Source Field Operation and Manipulation)是计算流体力学领域使用最广泛的开源软件包,但是由于其基于C++实现,与神威太湖之光上的异构众核处理器SW26010的编译器不兼容,因此无法直接在该架构上有效运行。基于SW26010的主核/从核的体系架构移植了OpenFOAM的核心计算代码,并采用混合语言编程实现的方式来解决编译不兼容的问题。此外,通过寄存器通信、向量化和双缓冲等优化手段,单核组的性能较优化后的主核代码提高了8.03倍,较Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2695 v3的串行执行性能提高了1.18倍。同时,将单核组的实现扩展到了神威太湖之光的大规模集群上,并进行了强可扩展性测试,256个核组上实现了184.9倍的加速。采用的移植方式和优化手段也可以为其他复杂C++程序在神威太湖之光上的应用提供借鉴。
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    3. 多核/众核平台上推荐算法的实现与性能评估
    陈静,方建滨,唐滔,杨灿群
    计算机科学    2017, 44 (10): 71-74.   https://doi.org/10.11896/j.issn.1002-137X.2017.10.013
    摘要 (113)   PDF (1139KB) (242)  
    用OpenCL语言标准设计并实现了推荐系统领域的两种经典算法:交替最小二乘法(Alternating Least Squares,ALS)与循环坐标下降法(Cyclic Coordinate Descent,CCD)。将其应用到CPU,GPU,MIC多核与众核平台上,探索了在该平台上影响算法性能的因子:潜在特征维数与线程个数。同时,将OpenCL实现的两种算法与CUDA和OpenMP的实现进行比较,得出了一系列结论。在同等条件下,与ALS算法相比,CCD算法的精度更高,收敛速度更快且更稳定,但所耗时间更长。ALS和CCD算法基于OpenCL的实现性能不亚于CUDA(CCD 上加速比为1.03x,ALS上加速比为1.2x)和OpenMP的实现(CCD与ALS上加速比大约为1.6~1.7x),并且两种算法在CPU平台上的性能均比GPU与MIC好。
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    4. 高能物理环境中混合存储系统的设计与优化
    徐琪,程耀东,陈刚
    计算机科学    2017, 44 (10): 75-79.   https://doi.org/10.11896/j.issn.1002-137X.2017.10.014
    摘要 (71)   PDF (1296KB) (185)  
    高能物理是典型的数据密集型计算环境,数据处理包括模拟计算、重建计算以及物理分析。其中大文件计算占据较大比重,并且高能物理文件访问模式以跳读为主,因此大文件的高速访问成为整个系统性能的重要影响因素。首先剖析传统高能物理计算环境的典型架构及其文件访问模式的特点,介绍混合存储模式在高能物理计算环境中的优势,总结其数据访问方式的特点,对其各种读写方式进行数据测试;然后提出针对该环境的混合存储系统的部署设计和优化,使该环境下的数据读写性能得到明显提高;同时将成本因素考虑到系统设计中,实现了一个低成本高性能的存储系统。测试表明,混合存储系统在高能物理等大数据存储系统中具有高效的I/O性能。文中全面分析了影响其性能的各种因素,实现了最优化配置的低成本高性能混合存储系统,并对该系统的未来发展趋势进行了分析和展望。
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    5. 星系分组算法的并行设计与优化:SGI系统与分布式集群对比
    司雨濛,韦建文,Simon SEE,林新华
    计算机科学    2017, 44 (10): 80-84.   https://doi.org/10.11896/j.issn.1002-137X.2017.10.015
    摘要 (123)   PDF (1209KB) (167)  
    Halo-based Galaxy Group Finder (HGGF) 是一种有效的星系分组算法,它根据星系的空间位置、红移、质量等多种属性将星系分组,从而为星系组的形成与演化研究提供重要依据。但是,算法当前的OpenMP实现版本仅能利用单节点提供的资源,在大规模星系分组问题上的应用受到限制。一种优化思路是采用多机并行,使其可以利用更多资源来解决更大规模的星系分组问题,并缩短执行时间。因此,有必要对算法重新进行设计与实现。实现此目标的一大挑战是程序中存在大量半随机性远端内存访问,其在多机并行环境下会对性能造成重大影响。为克服这一难题,设计中提出了邻接星系链表思想,并采用Unified Parallel C (UPC)进行程序实现。对于核代码部分,使用4,8,16节点时,可分别取得2.25,2.78,5.07倍的加速比;同时,对单个节点的内存需求也显著减少。OpenMP版本在SGI UV 2000上的实验结果显示,受限于程序的访存特性与机器体系架构的特点,类似HGGF算法这种具有随机数据访问特征的程序,很难有效利用NUMA结构的共享内存系统中提供的大规模线程与内存资源来直接取得高加速比。在分布式内存集群上采用两级并行设计,以更好地利用局部性原理,可能是更好的解决方案。
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    6. 大型高能物理计算集群资源管理方法的评测
    孙震宇,石京燕,姜晓巍,邹佳恒,杜然
    计算机科学    2017, 44 (10): 85-90.   https://doi.org/10.11896/j.issn.1002-137X.2017.10.016
    摘要 (107)   PDF (1272KB) (615)  
    高能物理数据由物理事例组成,事例之间没有相关性。可以通过大量作业同时处理大量不同的数据文件,从而实现高能物理计算任务的并行化,因此高能物理计算是典型的高吞吐量计算场景。高能所计算集群使用开源的TORQUE/Maui进行资源管理及作业调度,并通过将集群资源划分成不同队列以及限制用户最大运行作业数来保证公平性,然而这也导致了集群整体资源利用率非常低下。SLURM和HTCondor都是近年来流行的开源资源管理系统,前者拥有丰富的作业调度策略,后者非常适合高吞吐量计算,二者都能够替代老旧、缺乏维护的TORQUE/Maui,都是管理计算集群资源的可行方案。在SLURM和HTCondor测试集群上模拟大亚湾实验用户的作业提交行为,对SLURM和HTCondor的资源分配行为和效率进行了测试,并与相同作业在高能物理研究所TORQUE/Maui集群上的实际调度结果进行了对比,分析了SLURM及HTCondor的优势和不足,探讨了使用SLURM或HTCondor管理高能物理研究所计算集群的可行性。
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