Tandem repeat查找方法比较

计算机科学 ›› 2005, Vol. 32 ›› Issue (10): 172-175.

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Tandem repeat查找方法比较

徐恒宇王镝王国仁郑若石

东北大学信息科学与工程学院,沈阳110005

出版日期:2018-11-17 发布日期:2018-11-17
基金资助:
教育部高等学校优秀青年教师教学科研奖励计划基金资助项目;国家自然科学基金（60273079）资助.

XU Heng-Yu ,WANG Di, WANG Guo-Ren, ZHENG Ruo-Shi （School of Information Science ＆ Engineering, Northeastern University , Shenyang 110005）

Online:2018-11-17 Published:2018-11-17

摘要/Abstract

摘要： Tandem repeat在基因组成和进化中起到非常重要的作用,查找和分析Tandem repeat已经成为当前生物信息学的一个前沿领域和研究焦点.目前在这一研究领域存在多类解决方法,主要有基于LZ分解技术的方法和最近兴起的基于后缀树索引的方法.本文选取了两种时间复杂度达到O（nlogn）数量级的代表性的方法,对这两种方法进行了全面的综述,并对它们的性能进行了系统的比较和分析.

关键词: Tandem repeat LZ分解后缀树生物信息学时间复杂度基因组成分解技术数量级后缀树

Abstract: Tandem repeat takes such an important role in gene composition and evolution that the search and analysis of tandem repeat have become one of the front domain and research focus. There are multiple methods in recent works, mainly including two methods. On

Key words: Tandem repeat, LZ decomposition, Suffix tree

徐恒宇王镝王国仁郑若石. Tandem repeat查找方法比较[J]. 计算机科学, 2005, 32(10): 172-175. https://doi.org/

XU Heng-Yu ,WANG Di, WANG Guo-Ren, ZHENG Ruo-Shi （School of Information Science ＆ Engineering, Northeastern University , Shenyang 110005）. [J]. Computer Science, 2005, 32(10): 172-175. https://doi.org/

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