求解HP模型蛋白质折叠问题的启发式算法

计算机科学 ›› 2006, Vol. 33 ›› Issue (11): 174-176.

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求解HP模型蛋白质折叠问题的启发式算法

陈矛黄文奇

华中科技大学计算机科学与技术学院,武汉430074

出版日期:2018-11-17 发布日期:2018-11-17
基金资助:
国家自然科学基金资助项目（10471051）和国家973计划资助项目（2004CB318000）.

CHEN Mao ,HUANG Wen-Qi （School of Computer Science and Technology, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430074）

Online:2018-11-17 Published:2018-11-17

摘要/Abstract

摘要： 构造了一个新的数学模型，把三维HP模型的蛋白质折叠问题由一个有约束的优化问题转化为无约束的优化问题，通过建立相对坐标和邻域结构，提出了一个局部搜索算法，并对文献中的链长不同的7个算例进行了测试。结果表明，该算法能在较短时间内找到其中5个算例的最优能量枸形，对另外2个难例，则可以找到能量仅比最优构形高一个单位的次优构形。

关键词: 蛋白质折叠 HP模型启发式算法

Abstract: A heuristic algorithm is proposed in this paper for the HP model protein folding problem. By constructing a new mathematical model, the three dimensional protein folding problem of HP model is converted from a nonlinear constraint-satisfied problem to an

Key words: Protein folding problem, HP model, Heuristic algorithm

陈矛黄文奇. 求解HP模型蛋白质折叠问题的启发式算法[J]. 计算机科学, 2006, 33(11): 174-176. https://doi.org/

CHEN Mao ,HUANG Wen-Qi （School of Computer Science and Technology, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430074）. [J]. Computer Science, 2006, 33(11): 174-176. https://doi.org/

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