计算机科学 ›› 2007, Vol. 34 ›› Issue (2): 211-212.

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DnaReSM:一个基于多支持度的DNA重复序列挖掘算法

熊赟 陈越 朱扬勇   

  1. 复旦大学计算机与信息技术系,上海200433
  • 出版日期:2018-11-16 发布日期:2018-11-16
  • 基金资助:
    国家自然科学基金项目(60573093).

XIONG Yun, CHEN Yue ,ZHU Yang-Yong (Department of Computer and Information Technology, Fudan University, Shanghai 200433)   

  • Online:2018-11-16 Published:2018-11-16

摘要: DNA序列分析研究是生物信息学的重要内容之一。基因组的基因相关区域和基因外区域中含有大量重复序列,尽管目前大多数重复序列的功能还没能肯定,但它们在遗传分析中已起重要作用。挖掘DNA重复序列成为DNA序列分析的关键。自底向上的挖掘算法中间过程产生很多短的、甚至单字符的模式,使得挖掘效率降低;另一方面,目前序列模式挖掘算法在多序列挖掘中表现出高效性,但由于单支持度定义的局限导致无法在挖掘过程中同时找到单条DNA序列中的重复序列,因此不能很好地适用于DNA重复序列挖掘。本文基于新的多支持度序列模式挖掘框架,提出

关键词: 数据挖掘 DNA序列 重复序列 序列模式

Abstract: Research on DNA sequence analysis is one of important subjects in Bioinforrnatics. There exist a great numher of repeats in DNA sequences. Presently, most of them have largely unknown functions, but they have played important roles in genetics. Mining DNA

Key words: Data mining,DNA sequence,Repetitive sequence,Sequential pattern

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