单体型组装问题计算模型的比较与分析

计算机科学 ›› 2008, Vol. 35 ›› Issue (11): 166-169.

单体型组装问题计算模型的比较与分析

周伟王建新谢民主陈建二

中南大学信息科学与工程学院,长沙410083

出版日期:2018-11-16 发布日期:2018-11-16
基金资助:
国家自然科学基金重点项目：生物信息学中的相关组合理论和算法研究（60433020）.

ZHOU Wei, WANG Jian-xin ,XIE Min-zhu ,CHEN Jian er （School of Information Science and Engineering, Central South University, Changsha 410083,China）

Online:2018-11-16 Published:2018-11-16

摘要/Abstract

摘要： 单体型检测在遗传病基因的定位、药理反应的研究、个体识别等方面有极其广阔的应用前景。单体型组装问题指如何利用个体的基因测序片断数据，根据不同的优化准则确定该个体单体型的计算问题。对MSR，MFR，MEC，WMLF，MEC／GI等单体型组装模型做了详细的分析比较，得出了如下结论：在没有引入测序误差情况下，上述模型的重构精度基本一致。随着测序误差的增加，MEC／GI模型的容错性最好，重构精度最高；MSR模型受测序误差的影响最大，只适用于测序误差极小的情形。

关键词: 单核苷酸多态性基因型单体型 NP难问题

Abstract: Haplotype detection has expansive application in inherited gene＇s orientation,medicine reaction＇s research and individual identification. The haplotype assembly problem is the computing problem of inducing a individual＇s haplotypes based on several optima

Key words: Single-nucleotide polymorphisms,Genotype,Haplotype, NP-hard problem

周伟王建新谢民主陈建二. 单体型组装问题计算模型的比较与分析[J]. 计算机科学, 2008, 35(11): 166-169. https://doi.org/

ZHOU Wei, WANG Jian-xin ,XIE Min-zhu ,CHEN Jian er （School of Information Science and Engineering, Central South University, Changsha 410083,China）. [J]. Computer Science, 2008, 35(11): 166-169. https://doi.org/

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