基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现

计算机科学 ›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (6): 285-288.

基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现

费辉，张云泉，王靖

(中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室北京100190);(中国科学院软件研究所计算机科学国家重点实验室北京100190);(中国科学院研究生院北京100190)

出版日期:2018-11-16 发布日期:2018-11-16

Parallelization of Label-free Protein Quantification Software QuantWiz Based on GPU

Online:2018-11-16 Published:2018-11-16

摘要/Abstract

摘要： QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件，可很好地应用于定量蛋白质组学。实验数据的日益增大，使定量的计算量巨大，耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力，为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。对QuantWiz软件做了深入的研究与分析，找到了软件性能的热点模块所在，提出了该软件在GPU上的加速方案—UPU-QuantWiz，并进行了实现。性能测试显示，在Tesla 0106。上，该方案的平均加速比达到9. 66倍，得到了良好的加速效果。同时，该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上，具有良好的可扩展性。

关键词: 非标记定量，蛋白质组，QuantWiz, GPU，并行计算

Abstract: QuantWiz is a label-free ctuantitative software based on mass spectrometry, well used in ctuantitative pro- teomics. The increasing experimental data causes the enormous workload. Having hundreds of GFlops or even hFlops performance, GPU can speed up such compute-intensive quantitative proteomics applications. This article analyzed the software QuantWiz,to find the hotspot module of this software. Then we presented an accelerated program on GPU for this software called GPU-QuantWiz and implemented it under CUDA Framework. Statistical performance results show that the accelerated program can achieve good performance, with 9. 66 speedup. Moreover, our algorithm can be exten- ded on two or more GPUs,with a good scalability.

Key words: Label-free quantification, Proteome, QuantWiz, UPU, Parallel computing

费辉，张云泉，王靖. 基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现[J]. 计算机科学, 2012, 39(6): 285-288. https://doi.org/

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