三角网格模型的快速树搜索算法及可设计性分析

计算机科学 ›› 2005, Vol. 32 ›› Issue (12): 164-167.

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三角网格模型的快速树搜索算法及可设计性分析

李小妹王能超

华中科技大学计算机科学与技术学院,武汉430074

出版日期:2018-11-17 发布日期:2018-11-17
基金资助:
国家自然科学基金,编号70271069.

LI Xiao-Mei ,WANG Neng-Chao （Computer Science and Technology Institute, Huazhong University of Science and Technology,Wuhan 430074）

Online:2018-11-17 Published:2018-11-17

摘要/Abstract

摘要： 在蛋白质折叠格子模型的可设计性特征研究中，为了克服以往方格模型具有奇偶问题这一缺点，本文利用三角网格模型来进行穷举搜索。在简化的网格模型中，序列折叠为某一结构的能量值为在结构心部疏水氨基酸的个数取负值。在蛋白质折叠模型的二维4＋5＋6＋5＋4三角网格中穷举了所有的序列和致密结构。其中序列由两类氨基酸（疏水氨基酸和亲水氨基酸）组成，排除正反对称序列共2^12＋2^23=8392704种不同序列。在由24个格点组成的三角网格模型中共得到219093种简化结构串。在穷尽搜索算法中，为实现快速搜索，通过树结构将相

关键词: 三角网格模型蛋白质折叠聚类树可设计性

Abstract: Using a triangular lattice model to research designability of protein folding, we overcame parity problem of previous cubic lattice model. This paper enumerated all the sequences and compact conformations on a two-dimenslon triangular lattice simple model

Key words: Triangular lattice model,Protein folding,Fast search tree,Designability

李小妹王能超. 三角网格模型的快速树搜索算法及可设计性分析[J]. 计算机科学, 2005, 32(12): 164-167. https://doi.org/

LI Xiao-Mei ,WANG Neng-Chao （Computer Science and Technology Institute, Huazhong University of Science and Technology,Wuhan 430074）. [J]. Computer Science, 2005, 32(12): 164-167. https://doi.org/

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